Как подготовится к налоговым проверкам в 2026 году: новые правила, контроль ЭСФ и возврат НДС

С 1 января заработает новая система управления налоговыми рисками вместо СУР, упрощенный возврат НДС и автоматизированный контроль ЭСФ. Чтобы бизнес проходил без остановок и задержек эксперт подготовила разбор ключевых изменений налогового контроля. Покажем, как работает возврат НДС и автоматический контроль ЭСФ. Дадим Excel-таблицу для расчета налоговых рисков и критериев отбора на проверку.

Жаннет Кутнякова

эксперт ЭСС "Actualis: Главбух", профессиональный бухгалтер РК, DipIFR

Татьяна Федянина

профессиональный бухгалтер РК, налоговый аудитор, эксперт "Actualis: Главбух"

Изменения по налоговым проверкам с 1 января 2026 года

В 2026 году налоговый контроль в Казахстане окончательно переходит от «ручной» модели к цифровой и риск-ориентированной. Это означает, что сама проверка больше не является главным инструментом поиска нарушений. Главная работа по выявлению рисков происходит до проверки – на уровне автоматизированных систем.

Сначала данные налогоплательщика анализируются через СУНР (система управления налоговыми рисками), сопоставительный контроль ЭСФ, контроль СНТ, товарно-транспортных накладных, маркировки, банковских операций, данных других госорганов.

На этом этапе формируются «красные флажки»:

• сомнительные цепочки поставщиков,
• необъяснимый рост вычетов,
• странные убытки,
• несоответствия оборотов и так далее.

Уже на основании этих рисков решается, нужна ли выездная или документальная проверка. То есть проверка превращается в юридически оформленный этап подтверждения того, что автоматизированный анализ выявил не просто формальное несоответствие, а реальное налоговое нарушение.

Акцент смещается с «как пережить проверку» на «как не попасть в зону риска еще до проверки» (ст. 153. Случаи и основания для назначения налоговой проверки, МФ РК № 659 от 31.10.2025 «Об утверждении Правил назначения налоговых проверок и хронометражных обследований»).

В новой редакции Налогового кодекса налоговый контроль прямо связывается именно с налоговыми проверками (ст. 151 НК 2026), остальные инструменты администрирования (камеральный контроль, СУНР, сопоставительный контроль, автомат –контроль ЭСФ, «Пирамида») выведены в отдельные статьи и работают как «фильтр» перед выездной проверкой.

Налоговый контроль – это госконтроль, который реализуется через налоговые проверки, а также через иные формы, прямо возложенные на налоговые органы (камеральный контроль, СУНР, сопоставительный контроль, автомат –контроль ЭСФ и др.) (ст. 151 НК РК 2026).

В действующем НК-2017 налоговый контроль шире описан в главе 8 и главе 18: там отдельно перечисляются и проверки, и прочие формы контроля.

В НК-2017 логика риск-менеджмента была в отдельной главе 17 «Система управления рисками» и в правилах отбора на проверку, но так четко «защиты» по КНН в общей норме о проверках нет.

С 1 января 2026 года налоговые органы перестанут публиковать списки компаний для плановых проверок. Решения о назначении проверок будут приниматься исключительно районными и областными подразделениями КГД, с обязательной процедурой заслушивания по ст. 73 АПК.

Основные изменения по налоговым проверкам в 2026 году

1. Ключевые опоры по налоговым проверкам

Новые Правила назначения проверок и хронометража (Приказ и.о. министра финансов РК от 31.10.2025 г. № 659).
Утверждены формы решений ОГД по проверкам (вручение предписания, результаты и т. д.) (Приказ министра финансов РК от 13.10.2025 г. № 594).

Введен коэффициент налоговой нагрузки (КНН) с новыми правилами расчета (Приказ министра финансов РК от 22.09.2025 г. № 519) – влияет на вероятность проверки.

Национальный каталог товаров (НТК)/ NTIN: с 01.01.2026 в чеке ККМ обязателен NTIN по каждому товару; синхронизация с ЭСФ/СНТ/Виртуальный склад.

2. Логика проверок

В 2026 году проверка – не случайный визит, а логическое продолжение риска, документированного и отражённого в системе.

Плановых проверок больше нет: проверки назначаются только при наличии цифровых рисков.

3. Виды проверок и новшества

Формально виды прежние: комплексная, тематическая, встречная, хронометражное обследование.
Изменилось наполнение и назначение:

• встречные проверки жестко регламентированы Приказом 548;
• решение о назначении и проведение налоговой проверки – Приказом 659.

Повторная проверка за тот же период возможна только:

• по заявлению/требованию/жалобе самого налогоплательщика,
• по уголовно-процессуальным основаниям,
• по решению уполномоченного органа.

Причем прямо прописано, что при обжаловании уведомления в суд повторная проверка по тому же вопросу до вступления решения суда в силу не допускается (п. 3. cт. 153 НК 2026)

4. Комплексная проверка

Применяется к крупным, сложным или системно рискованным налогоплательщикам.
Ограничение: если коэффициент налоговой нагрузки ≥ 90% от среднеотраслевого, комплексная проверка маловероятна.
При ликвидации или прекращении деятельности проводится исключительно комплексная (ликвидационная) проверка (п. 2 ст. 155 НК 2026).

5. Тематическая проверка

Основная форма проверки.
Может касаться отдельных налогов: НДС, ККМ, подакцизные товары, международные договоры, возврат НДС.
Может проверять несколько направлений одновременно.

6. Встречная проверка

Из вспомогательного инструмента превращается в системный механизм проверки всей цепочки.
Четко регламентирована Приказом 548 с основаниями, сроками и ограничениями.

7. Хронометражное обследование

Четко прописаны основания для его проведения
Фиксированный срок – 30 рабочих дней, без продления и приостановки.

8. Начало проверки и предписания

Начало проверки жестко привязано к вручению предписания и фиксации позиции налогоплательщика.
Если отказ – фиксируется на видео, составляется акт с понятыми.
Отказ приравнивается к недопуску, проверка считается начатой.
Жалоба на предписание не приостанавливает проверку – процесс проверки и обжалования идут параллельно.

9. Сроки проверки и приостановления

Базовый срок – 30 рабочих дней.

Продление:

• ИП и компании без филиалов: до 40 (налоговый орган), до 50 (вышестоящий орган).
• компании с филиалами, крупные группы, нерезиденты: до 65 дней; высший орган – до 160 дней.
• участники налогового мониторинга – до 180 дней.

Приостановление: только по документально обоснованным причинам (ожидание документов, ответы госорганов, международные запросы, возражения к предварительному акту).

10. Требования и документы

Каждое требование должно:

• указывать предмет проверки и период;
• содержать перечень нужных документов;
• Быть мотивированным

Запрещено требовать документы, уже находящиеся в государственных базах (СФ, СНТ, лицензии, таможенные базы).

11. Стандартный файл проверки (СФП)

Новый цифровой инструмент: Excel или XML файл с бухгалтерскими и налоговыми данными.

Содержит данные по доходам, расходам, НДС, оборотам, вычетам, основным средствам, операциям с нерезидентами и прочее.

Загружается в систему налогового органа для автоматической сверки данных.

Требования к стандартному файлу проверки и Правила составления и предоставления стандартного файла проверки установлены Приказом министра финансов РК от 03.10.2025 г. № 567.

Со дня вручения предписания о проведении налоговой проверки налогоплательщик представляет орган госдоходов в течение 10 календарных дней согласие на предоставление стандартного файла проверки, по установленной форме.

Формально стандартный файл проверки предоставляется добровольно, но фактически ускоряет проверку.

12. Предварительный акт

В предварительном акте указываются:

• выявленные нарушения;
• нормы закона;
• документы и расчёты;
• предполагаемые суммы доначислений.

Налогоплательщик получает акт через ЛК и имеет 15 рабочих дней на возражения.
Установлено приказом № 627 от 24 октября 2025 года.
Возражения могут содержать:

• юридическую аргументацию;
• документы;
• исправления расчётов;
• ссылки на практику.

Налоговый орган обязан рассмотреть возражения и отразить позицию.

Новые нарушения в окончательный акт включать нельзя.

13. Рассмотрение возражений

Возражения проверяются в течение 5 рабочих дней.
Возможное продление до 30 календарных дней при запросах информации.
Если УГД не согласен, направляет запрос в ДГД или КГД с приложением предварительных актов, расчётов и документов.
Департамент/комитет рассматривает запрос в течение 10 рабочих дней (можно продление до 30 дней).
Если возражения не поданы или отозваны – проверка завершается в течение одного рабочего дня.
Если поданы – начинается процедура их рассмотрения:

• УГД рассматривает в течение 5 рабочих дней;
• возможно продление для запросов (до 30 календарных дней);
• при несогласии направляется запрос в ДГД или КГД.

ДГД/КГД рассматривают вопрос 10 рабочих дней + возможное продление до 30 календарных дней.

Их выводы обязательны для итогового акта.

14. Окончательный акт и решение

Составляется с учетом возражений и позиции ДГД/КГД. Новые нарушения не включаются.
Решение фиксирует суммы налогов, штрафов, порядок исполнения и обжалования.
Жалоба подается через веб-портал; проверка при этом завершена.
После окончательного акта выносится решение, где отражаются:

• суммы налогов, пеней и штрафов;
• порядок и сроки исполнения;
• способы обжалования.

Жалоба подается через веб-портал.
При этом проверка уже завершена и не пересматривается.
История жалоб включается в систему рисков:

• частые споры и победы налогоплательщика – один тип риска;
• системные ошибки органа – другой.

15. Процедура заслушивания

Налогоплательщика (или его представителя) приглашают в налоговый орган, рассказывают, какие именно риски, несоответствия или подозрительные операции увидела система, и дают возможность объясниться: предоставить документы, пояснения, расчеты.

По сути, это шанс решить вопрос до выездной проверки (процедура заслушивания и порядок подготовки решения о назначении проверки – Приказ МФ РК № 659 от 29.10.2025; общие основания назначения проверок – ст. 153 НК РК 2026).

Если налогоплательщик дает убедительные пояснения и подтверждает документы – налоговый орган может вообще отказаться от назначения проверки.

Если же объяснения формальны, документы не представлены либо, наоборот, подтверждают риск – заслушивание становится последним шагом перед официальным решением о проведении проверки.

Для бизнеса это означает: нужно относиться к заслушиванию как к настоящему мини-процессу – готовиться, системно объяснять, а не “приходить на удачу” (см. отказ/принятие решения по результатам анализа рисков и заслушивания – ст. 151, 153 НК РК 2026, Приказ № 659).

Новые основания для проверок

Раньше основания для проверки были прописаны более расплывчато:

• по заявлению,
• по решению налогового органа,
• по данным других органов,
• по материалам правоохранительных органов.

В 2026 году это превращается в большую формализованную матрицу рисков:

• базовые случаи назначения проверок – ст. 153 НК РК 2026;
• детализированные основания тематических проверок – ст. 156 НК РК 2026;
• основания встречных проверок – ст. 157 НК РК 2026;
• детализация рисков – Приказ № 659 процедура заслушивания и порядок подготовки решения о назначении проверки и Приказ № 548 Об утверждении Правил назначения встречных налоговых проверок).

Группы риска для проведения проверки

Сопоставительный и автоматизированный контроль ЭСФ

Налоговые органы будут проверять ЭСФ, чтобы не допустить их выписки компаниями с высоким риском нарушений.

Контроль будет двух видов:

• автоматизированный – проверка проходит в автоматическом режиме через систему налогового органа (ст. 139–140 НК РК-2026);
• сопоставительный – проверка путем сравнения данных.

Автоматизированный контроль – это автоматическая проверка и присвоение регистрационного номера ЭСФ в системе налогового органа.

При присвоении номера учитываются данные по НДС на специальном налоговом счете плательщика.

Оператор автоматизированного контроля – это назначенное государством юридическое лицо, которое:

1. ведет учет баланса НДС на налоговом счете;
2. хранит деньги плательщика, внесенные для обеспечения выписки ЭСФ;
3. перечисляет эти деньги в бюджет, если они использованы для выписки ЭСФ;
4. возвращает неиспользованные деньги.

Уполномоченный орган устанавливает правила автоматизированного контроля, в которых описано:

1. как вести налоговый счет и учитывать баланс НДС;
2. как пополнять счет;
3. как перечислять деньги в бюджет;
4. как и в какие сроки возвращать деньги;
5. как долго проводится контроль.

Система налогового органа рассчитывает баланс НДС по формуле:
...