Как подготовится к налоговым проверкам в 2026 году: новые правила, контроль ЭСФ и возврат НДС
Как подготовится к налоговым проверкам в 2026 году: новые правила, контроль ЭСФ и возврат НДС
С 1 января заработает новая система управления налоговыми рисками вместо СУР, упрощенный возврат НДС и автоматизированный контроль ЭСФ. Чтобы бизнес проходил без остановок и задержек эксперт подготовила разбор ключевых изменений налогового контроля. Покажем, как работает возврат НДС и автоматический контроль ЭСФ. Дадим Excel-таблицу для расчета налоговых рисков и критериев отбора на проверку.
Жаннет Кутнякова
эксперт ЭСС "Actualis: Главбух", профессиональный бухгалтер РК, DipIFR
Татьяна Федянина
профессиональный бухгалтер РК, налоговый аудитор, эксперт "Actualis: Главбух"
Изменения по налоговым проверкам с 1 января 2026 года
В 2026 году налоговый контроль в Казахстане окончательно переходит от «ручной» модели к цифровой и риск-ориентированной. Это означает, что сама проверка больше не является главным инструментом поиска нарушений. Главная работа по выявлению рисков происходит до проверки – на уровне автоматизированных систем.
Сначала данные налогоплательщика анализируются через СУНР (система управления налоговыми рисками), сопоставительный контроль ЭСФ, контроль СНТ, товарно-транспортных накладных, маркировки, банковских операций, данных других госорганов.
На этом этапе формируются «красные флажки»:
сомнительные цепочки поставщиков,
необъяснимый рост вычетов,
странные убытки,
несоответствия оборотов и так далее.
Уже на основании этих рисков решается, нужна ли выездная или документальная проверка. То есть проверка превращается в юридически оформленный этап подтверждения того, что автоматизированный анализ выявил не просто формальное несоответствие, а реальное налоговое нарушение.
Акцент смещается с «как пережить проверку» на «как не попасть в зону риска еще до проверки» (ст. 153. Случаи и основания для назначения налоговой проверки, МФ РК № 659 от 29.10.2025 «Об утверждении Правил назначения налоговых проверок и хронометражных обследований»).
В новой редакции Налогового кодекса налоговый контроль прямо связывается именно с налоговыми проверками (ст.151 НК 2026), остальные инструменты администрирования (камеральный контроль, СУНР, сопоставительный контроль, автомат –контроль ЭСФ, «Пирамида») выведены в отдельные статьи и работают как «фильтр» перед выездной проверкой.
Налоговый контроль – это госконтроль, который реализуется через налоговые проверки, а также через иные формы, прямо возложенные на налоговые органы (камеральный контроль, СУНР, сопоставительный контроль, автомат –контроль ЭСФ и др.) (ст. 151 НК РК 2026).
В действующем НК-2017 налоговый контроль шире описан в главе 8 и главе 18: там отдельно перечисляются и проверки, и прочие формы контроля.
В НК-2017 логика риск-менеджмента была в отдельной главе 17 «Система управления рисками» и в правилах отбора на проверку, но так четко «защиты» по КНН в общей норме о проверках нет.
С 1 января 2026 года налоговые органы перестанут публиковать списки компаний для плановых проверок. Решения о назначении проверок будут приниматься исключительно районными и областными подразделениями КГД, с обязательной процедурой заслушивания по ст. 73 АПК.
Основные изменения по налоговым проверкам в 2026 году
1. Ключевые опоры по налоговым проверкам
Новые Правила назначения проверок и хронометража (Приказ и.о. министра финансов РК от 31.10.2025 г. № 659).
Утверждены формы решений ОГД по проверкам (вручение предписания, результаты и т. д.) (Приказ министра финансов РК от 13.10.2025 г. № 594).
Введен коэффициент налоговой нагрузки (КНН) с новыми правилами расчета (Приказ министра финансов РК от 22.09.2025 г. № 519) – влияет на вероятность проверки.
Национальный каталог товаров (НТК)/ NTIN: с 01.01.2026 в чеке ККМ обязателен NTIN по каждому товару; синхронизация с ЭСФ/СНТ/Виртуальный склад.
2. Логика проверок
В 2026 году проверка – не случайный визит, а логическое продолжение риска, документированного и отражённого в системе.
Плановых проверок больше нет: проверки назначаются только при наличии цифровых рисков.
3. Виды проверок и новшества
Формально виды прежние: комплексная, тематическая, встречная, хронометражное обследование.
решение о назначении и проведение налоговой проверки – Приказом 659.
Повторная проверка за тот же период возможна только:
по заявлению/требованию/жалобе самого налогоплательщика,
по уголовно-процессуальным основаниям,
по решению уполномоченного органа.
Причем прямо прописано, что при обжаловании уведомления в суд повторная проверка по тому же вопросу до вступления решения суда в силу не допускается (п. 3. cт. 153 НК 2026)
4. Комплексная проверка
Применяется к крупным, сложным или системно рискованным налогоплательщикам.
Ограничение: если коэффициент налоговой нагрузки ≥ 90% от среднеотраслевого, комплексная проверка маловероятна.
При ликвидации или прекращении деятельности проводится исключительно комплексная (ликвидационная) проверка (п. 2 ст. 155 НК 2026).
5. Тематическая проверка
Основная форма проверки.
Может касаться отдельных налогов: НДС, ККМ, подакцизные товары, международные договоры, возврат НДС. Может проверять несколько направлений одновременно.
6. Встречная проверка
Из вспомогательного инструмента превращается в системный механизм проверки всей цепочки. Четко регламентирована Приказом 548 с основаниями, сроками и ограничениями.
7. Хронометражное обследование
Четко прописаны основания для его проведения
Фиксированный срок – 30 рабочих дней, без продления и приостановки.
8. Начало проверки и предписания
Начало проверки жестко привязано к вручению предписания и фиксации позиции налогоплательщика.
Если отказ – фиксируется на видео, составляется акт с понятыми.
Отказ приравнивается к недопуску, проверка считается начатой.
Жалоба на предписание не приостанавливает проверку – процесс проверки и обжалования идут параллельно.
9. Сроки проверки и приостановления
Базовый срок – 30 рабочих дней.
Продление:
ИП и компании без филиалов: до 40 (налоговый орган), до 50 (вышестоящий орган).
компании с филиалами, крупные группы, нерезиденты: до 65 дней; высший орган – до 160 дней.
участники налогового мониторинга – до 180 дней.
Приостановление: только по документально обоснованным причинам (ожидание документов, ответы госорганов, международные запросы, возражения к предварительному акту).
10. Требования и документы
Каждое требование должно:
указывать предмет проверки и период;
содержать перечень нужных документов;
Быть мотивированным
Запрещено требовать документы, уже находящиеся в государственных базах (СФ, СНТ, лицензии, таможенные базы).
11. Стандартный файл проверки (СФП)
Новый цифровой инструмент: Excel или XML файл с бухгалтерскими и налоговыми данными.
Содержит данные по доходам, расходам, НДС, оборотам, вычетам, основным средствам, операциям с нерезидентами и прочее.
Загружается в систему налогового органа для автоматической сверки данных.
Требования к стандартному файлу проверки и Правила составления и предоставления стандартного файла проверки установлены Приказом министра финансов РК от 03.10.2025 г. № 567.
Со дня вручения предписания о проведении налоговой проверки налогоплательщик представляет орган госдоходов в течение 10 календарных дней согласие на предоставление стандартного файла проверки, по установленной форме.
Формально стандартный файл проверки предоставляется добровольно,но фактически ускоряет проверку.
12. Предварительный акт
В предварительном акте указываются:
выявленные нарушения;
нормы закона;
документы и расчёты;
предполагаемые суммы доначислений.
Налогоплательщик получает акт через ЛК и имеет 15 рабочих дней на возражения.
Установлено приказом № 627 от 24 октября 2025 года.
Возражения могут содержать:
юридическую аргументацию;
документы;
исправления расчётов;
ссылки на практику.
Налоговый орган обязан рассмотреть возражения и отразить позицию.
Новые нарушения в окончательный акт включать нельзя.
13. Рассмотрение возражений
Возражения проверяются в течение 5 рабочих дней.
Возможное продление до 30 календарных дней при запросах информации.
Если УГД не согласен, направляет запрос в ДГД или КГД с приложением предварительных актов, расчётов и документов.
Департамент/комитет рассматривает запрос в течение 10 рабочих дней (можно продление до 30 дней).
Если возражения не поданы или отозваны – проверка завершается в течение одного рабочего дня.
Если поданы – начинается процедура их рассмотрения:
УГД рассматривает в течение 5 рабочих дней;
возможно продление для запросов (до 30 календарных дней);
при несогласии направляется запрос в ДГД или КГД.
ДГД/КГД рассматривают вопрос 10 рабочих дней + возможное продление до 30 календарных дней.
Их выводы обязательны для итогового акта.
14. Окончательный акт и решение
Составляется с учетом возражений и позиции ДГД/КГД. Новые нарушения не включаются.
Решение фиксирует суммы налогов, штрафов, порядок исполнения и обжалования.
Жалоба подается через веб-портал; проверка при этом завершена.
После окончательного акта выносится решение, где отражаются:
суммы налогов, пеней и штрафов;
порядок и сроки исполнения;
способы обжалования.
Жалоба подается через веб-портал.
При этом проверка уже завершена и не пересматривается.
История жалоб включается в систему рисков:
частые споры и победы налогоплательщика – один тип риска;
системные ошибки органа – другой.
15. Процедура заслушивания
Налогоплательщика (или его представителя) приглашают в налоговый орган, рассказывают, какие именно риски, несоответствия или подозрительные операции увидела система, и дают возможность объясниться: предоставить документы, пояснения, расчеты.
По сути, это шанс решить вопрос до выездной проверки (процедура заслушивания и порядок подготовки решения о назначении проверки – Приказ МФ РК № 659 от 29.10.2025; общие основания назначения проверок – ст. 153 НК РК 2026).
Если налогоплательщик дает убедительные пояснения и подтверждает документы – налоговый орган может вообще отказаться от назначения проверки.
Если же объяснения формальны, документы не представлены либо, наоборот, подтверждают риск – заслушивание становится последним шагом перед официальным решением о проведении проверки.
Для бизнеса это означает: нужно относиться к заслушиванию как к настоящему мини-процессу – готовиться, системно объяснять, а не “приходить на удачу” (см. отказ/принятие решения по результатам анализа рисков и заслушивания – ст. 151, 153 НК РК 2026, Приказ № 659).
Новые основания для проверок
Раньше основания для проверки были прописаны более расплывчато:
по заявлению,
по решению налогового органа,
по данным других органов,
по материалам правоохранительных органов.
В 2026 году это превращается в большую формализованную матрицу рисков:
базовые случаи назначения проверок – ст. 153 НК РК 2026;
детализированные основания тематических проверок – ст. 156 НК РК 2026;
основания встречных проверок – ст. 157 НК РК 2026;
детализация рисков – Приказ № 659 процедура заслушивания и порядок подготовки решения о назначении проверки и Приказ № 548 Об утверждении Правил назначения встречных налоговых проверок).
Группы риска для проведения проверки
Сопоставительный и автоматизированный контроль ЭСФ
Налоговые органы будут проверять ЭСФ, чтобы не допустить их выписки компаниями с высоким риском нарушений.
Контроль будет двух видов:
автоматизированный – проверка проходит в автоматическом режиме через систему налогового органа (ст. 139–140 НК РК-2026);
сопоставительный – проверка путем сравнения данных.
Автоматизированный контроль – это автоматическая проверка и присвоение регистрационного номера ЭСФ в системе налогового органа.
При присвоении номера учитываются данные по НДС на специальном налоговом счете плательщика.
Оператор автоматизированного контроля – это назначенное государством юридическое лицо, которое:
ведет учет баланса НДС на налоговом счете;
хранит деньги плательщика, внесенные для обеспечения выписки ЭСФ;
перечисляет эти деньги в бюджет, если они использованы для выписки ЭСФ;
возвращает неиспользованные деньги.
Уполномоченный орган устанавливает правила автоматизированного контроля, в которых описано:
как вести налоговый счет и учитывать баланс НДС;
как пополнять счет;
как перечислять деньги в бюджет;
как и в какие сроки возвращать деньги;
как долго проводится контроль.
Система налогового органа рассчитывает баланс НДС по формуле:
Если сумма НДС в новом ЭСФ не превышает балансовую сумму, то ЭСФ получает регистрационный номер автоматически. Если номер не присвоен – ЭСФ считается не выписанным. Чтобы увеличить баланс, можно внести свои деньги на налоговый счёт. Неиспользованные деньги можно вернуть по заявлению – в течение 1 рабочего дня. Если заявление не подано, средства переносятся на следующий период. Деньги, которые были использованы для выписки ЭСФ, по окончании налогового периода идут в зачет уплаты налога.
Упрощенный порядок возврата НДС
С 1 января 2026 года упрощенный порядок возврата превышения НДС будет применяться ко всем экспортерам.
При определении суммы возврата превышения НДС будет применяться СНУР. Законодательство не ограничивает налоговых органов в определении суммы возврата превышения НДС. Суть упрощенного порядка заключается в ускоренном возврате НДС без проверки, в течении 15 рабочих дней.
Условия применения упрощенного порядка следующие:
у экспортера не должно быть неисполненных уведомлений налоговых органов;
оборот по экспорту должно быть не менее 50% от общего оборота;
в течение последних 12 месяцев должна быть подтвержденная сумма НДС к возврату по результатам проверки.
Сокращены и сроки возврата НДС:
отсчет срока будет начинаться с даты требования.
Возврат превышения НДС по результатам проверок также сокращен до 55 рабочих дней, а также отсчет срока будет начинаться на месяц раньше. Это позволит возвращать превышение НДС на 2 месяца раньше.
Также внесли изменения в порядок проверок по возврату НДС. Так, если ранее отчет «Пирамида» использовался для выявления нарушений по всей цепочке поставок, что приводило к отказу в возврате НДС, то с 2026 года данный отчет будет применяться в качестве инструмента выявления рисковых зон.
По выявленным рискам будут назначаться встречные проверками, и только при подтверждении нарушений у непосредственных поставщиков суммы дебетового сальдо не будут подтверждаться к возврату.
Правила возврата превышения НДС утверждены приказом и.о. министра финансов РК от 30.10.2025 г. № 649
Подготовка к налоговой проверке: чек-лист
Эксперты подготовили Чек-лист по подготовке к налоговой проверке. Последовательно пройдите контрольные точки и встречайте проверяющих во всеоружии: